1、人工清理：想要清理鱼屎，最直接的方法就是人工清理。当然，这种方法也需要借助一定的工具，主要用的就是软管。将管子的一头通到石头下面，然后借助虹吸法把水底的鱼屎吸出来即可。通常这种方法可以在换水的时候进行。
2、改装过滤：如果鱼缸有过滤设备的话，也可以通过改造过滤来清理鱼屎。最简单的方法就是加装一个造流，这样可以定期来冲击缸底，从而将其冲走，这样鱼屎会跟随水流进入到滤槽中。
3、生物分解：鱼屎不进行清理也是可以的，只要缸内的生态系统良好，微生物会将其分解，产生的氨氮则由硝化系统转化成为硝酸盐，从而避免对鱼儿造成危害。
