上海海洋大学目前有上海市浦东新区沪城环路校区、杨浦区军工路校区、杨浦区民星路校区3个校区。其中，主校区沪城环路校区占地约1600余亩，规划建设面积58、6万平方米。

沪城环路校区位于上海市浦东新区沪城环路999号； 军工路校区位于上海市杨浦区军工路318号； 民星路校区位于上海市杨浦区民星路435号。