除去抵扣运费之后应计入原材料入账价值，计入原材料科目。

依据是：企业外购存货主要包括原材料和商品。外购存货的成本即存货的采购成本，指企业物资从采购到入库前所发生的全部支出，包括购买价款、相关税费、运输费、装卸费、保险费以及其他可归属于存货采购成本的费用。

若为小型企业。则运费不能抵扣进项税额，直接作为原材料的成本。