工程菌是采用现代生物工程技术加工出来的新型微生物，具有多功能、高效和适应性强等特点。用基因工程的方法，使外源基因得到高效表达的菌类细胞株系一般称为工程菌。例如治理海洋石油泄漏而采用生物工程技术将多种微生物的降解性基因从细胞中分离出，然后组装到一个细胞中，使这个菌株集多种微生物的降解性功能于一身，同时可以降解多种化合物。这样的菌株我们称为工程菌。