iPhone SE为iPhone 5s的外壳装着6s的性能；配备了A9处理器和M9协处理器。 相当于6s水平的处理能力，iPhone 5s的两倍；图形处理器也和iPhone 6s相当，等于iPhone 5s的三倍。iPhone SE也配备了1200万像素的摄像头，和iPhone 6s一个级别。

苹果SE使用IOS10、1、1系统，为最新的苹果操作系统。