天然质优的碧玺，颜色鲜亮，宝光灵动，同一晶体的内外和不同的部位可呈明显的双色或多色。仿品无这种现象。覆膜碧玺，颜色艳丽，但暮光呆滞，膜层呈亚金属光泽，不呈玻璃光泽。人工染色的碧玺，颜色扎眼，邪光漂浮，放大检查可见裂隙呈丝缕或脉状分布，或沿管状包体分布的染料。

碧玺包裹体丰富，天然碧玺内部或多或少都有内含物或包裹体(包裹体主要有气液、管状、平行线状三种)。一些内含物或包裹体眼睛直观就能看到。达到极品级的碧玺会完全无瑕，但极其稀少，而仿品内部通常十分干净。