柯南大结局名字叫：黑暗组织的秘密。

随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的庞大而拜托国际刑警插手；在日本警方及科南的协助下几次阻止了其活动，黑暗组织决定报复；黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦*团，并留下了要工藤新一独自前往营救的暗示。

在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦*团的生命要挟其制作缩小药的解药；早已深思熟虑的哀在一天内制作出解药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸；Gin果然在得到解药后命胖子杀死阿笠及少年侦*团。