合作社申请报税流程如下：《国家税务局网上申报纳税管理办法》第八条规定，“申请开通网上申报业务的纳税人，须持下列资料到办税服务厅申请办理登记手续：（一）税务登记证副本原件（查验后退回）；（二）《网上办税申请表》；（三）《网上办税协议书》。 网上办税受理岗人员审核相关资料后，手续齐全的，应当即在综合征管软件中进行“数据电文申报方式”文书的维护，完成网上申报资格登记，并告知纳税人可于申请办理完毕之次月起，在网上办理纳税申报的相关事宜”。