商业用房土地使用证的办理方式是：

1、购房者在办理房产证之后，带着户主身份证，房产证，土地总证的复印件，购房合同和已经缴纳过的契税凭证到土地管理局申请办理；

2、开发商在建完楼房后，会报数据给土地管理局，到管理局进行核实；

3、核实完毕后，进行审批阶段，5个工作日后带身份证到土地局领取土地证。

【法律依据】

根据《土地管理法实施条例》规定，国家依法实行土地登记发证制度。

依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。