环保酵素能杀菌的，环保酵素能带动室内空气的流通，稀释200倍可用作清新空气，稀释500倍可用于消毒。应用主要集中于水处理、污泥处理方面，降低氨氮、磷酸盐等。环保酵素有利于作物的生长发育，能有效抑制病虫害的发展，可提高作物的抗病力和免疫力，有研究发现环保酵素具有改良土壤盐碱性。