菌群失调是指机体某部位，正常菌群中各菌种间的比例发生较大幅度变化，而超出正常范围的状态，由此产生的病症，称为菌群失调症或菌群交替症。

菌群失调时，多引起二重感染或重叠感染，即在原发感染的治疗中，发生了另一种新致病菌的感染。菌群失调的发生多见于使用抗生素和慢性消耗性疾病等。