深圳大学城共有4个研究生院校。

1、清华大学深圳研究生院。

清华大学深圳研究生院是清华大学和深圳市合作创建的高层次人才培养基地和科技创新基地，是清华大学教育改革的试验田和创建世界一流大学的重要组成部分。

2、北京大学深圳研究生院。

北京大学深圳研究生院是以全日制研究生教育为主的高等教育机构，是北京大学创建世界一流大学的重要组成部分。

3、哈尔滨工业大学深圳研究生院。

哈尔滨工业大学深圳研究生院是经教育部批准，由哈尔滨工业大学与深圳市政府合作创办的以培养研究生层次人才为主的办学实体。研究生院依托校本部的强势学科和师资优势，主动适应深圳，香港及泛珠三角地区的经济环境和市场需求。

4、中国科学院深圳先进技术研究院。

中国科学院深圳先进技术研究院是中国科学院根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要，结合中国科学院布局调整的要求，围绕深圳市实施创新型城市战略而建立的。