因为湖水下降，湖水逐年浓缩，所含杂质不断增加，慢慢咸化。

200万年前，剧烈的造山运动使得这片古海逐渐隆起，一跃形成了青藏高原。海水被逼走，有的被四周的高山环绕起来，形成了大大小小的湖泊。青海湖就是被山脉堵塞而成的一个巨大湖泊。当时，它是一个外泄湖，周围100多条河流注入湖中，同时，湖水又从东面注入黄河，流进东面的海洋。后来又经过演化，青海湖由一个外流湖而变成了“闭塞湖”。大约距今100万年前，地质年代的第四纪，在青海湖东面有个日月山，发生了强烈隆起，拦截了青海湖出口，原来从青海湖向东流出的河流，被逼得向西流入青海湖，而成了一条自东朝西的“倒淌”河。一直到现在，青海湖还是一个流水只入不出的闭塞湖。由于青海湖位于西北气候干燥地区，湖水蒸发量大于湖水注入量，因此，湖水不断下降，湖面逐渐缩小。