吏部尚书是中央的官员，而且是在封建社会六部之首相当于现在的人事部部长。

两江总督是地方的边疆大吏，正式官衔为总督两江等处地方提督军务、粮饷、操江、统辖南河事务，是清朝九位最高级的封疆大臣之一，总管江苏、安徽和江西三省的军民政务。由于清初江苏和安徽两省辖地同属江南省，因此初时该总督管辖的是江南和江西的政务，因此号两江总督。

两者从品级来说是一样的，都是正二品。如果比较其他方面应该结合当时文化背景和真实人物来具体分析比较。