蛋白酶水解是一级结构被破坏，也就是肽键被破坏，不过蛋白酶水解，不是破坏了蛋白酶的所有肽键，而只是一部分肽键，蛋白酶水解最终使蛋白质失活，变成氨基酸。

蛋白酶，广泛存在于动物内脏、植物茎叶、果实和微生物中。微生物蛋白酶，主要由霉菌、细菌，其次由酵母、放线菌生产。