当金刚菩提反碱时，先将自来水烧开，将金刚菩提放在里面浸泡一段时间，一边浸泡一边用软毛刷擦洗表面，以去掉表面的杂质。之后将其擦干后，放在阴凉处自然干燥，再用猪毛刷干刷几天，这样就能清理干净。

在盘玩金刚菩提的时候，出现反碱是比较常见的现象，这时候应多刷多盘，首先将选用的自来水烧开，让其自然冷却后，将反碱的金刚菩提放在水中浸泡一段时间，还要反复的淘洗几次，以去掉表面的杂质。

之后再将金刚菩提放在冷却后的干净冷水中，一边浸泡一边用硬毛刷清洗，但是要注意要仔细清洗金刚菩提的每个部位，将其刷洗干净后放在干净的毛巾里揉搓，将里面的脏物清洁干净，也能让表面更加干燥。

最后用猪毛刷仔细的刷洗表面，主要以干刷为主，这样就能将表面的碱性物质清理干净，之后再出现反碱现象，就继续的刷洗，但清理干净后，最好要避免将其直接放在强光下暴晒，以免出现干裂现象。