镁离子在PCR中的作用是与dNTP、核酸骨架相互作用，影响Polymerase的活性。

镁离子浓度对PCR扩增效率影响很大，浓度过高可降低PCR扩增的特异性，浓度过低则影响PCR扩增产量，甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带；

一般镁离子的浓度在0.5毫摩尔每升到5毫摩尔每升之间，调整dNTP的浓度后要相应的调整镁离子的浓度。