封面神兽：黑版为白色神兽(雷希拉姆)、白版则为黑色神兽(赛库罗姆)。

版本限定神兽：黑版为雨神(波鲁特洛斯)、白版则为风神(特鲁涅洛斯)。

限定精灵与特定场景：黑版有黑之城、白版则有白之森；黑版能在黑之城购买大量进化石、心之鳞片等重要道具、白版则能在白之森捕捉大量前代热门精灵宝贝龙等等。

龙系道馆馆主不同：黑版为白发爷爷、白版则为爱丽丝(女)。