1、南沙一中，由原南沙中学和南沙二中合并成立，学校2011年3月4日举行了揭牌仪式，标志着南沙区第一所“广东省国家级示范性普通高中”正式全面运作，原南沙中学为南沙一中初中部，南沙二中为南沙一中高中部；

2、麒麟中学，创办于2006年9月，是南沙建区以来新办的第一所区直属公办普通高中，座落于南沙区黄阁镇，地处南沙区城市发展的中心地带，也是南沙区未来的政治、经济和文化中心，学校现有高中班18个，教师65人，学生871人，高级教师比例21%，本科率100%；

南沙的其他中学还有：广州外国语学校，民办的英东中学，初中有新垦中学、珠江中学、万顷沙中学、横沥中学、黄阁中学等。