亚甲基蓝跟甲基蓝不是一种。两者的化学式，分子量，化学结构都不同。甲基蓝杀灭霉菌细菌效力不明显，放入水中很快化开，染色不够深浓，颜色很快淡化。亚甲基蓝入水会有色带，若水流缓慢时散开很慢，会看着蓝色的色带飘散开来，蓝色保持较长时间。亚甲基蓝抑杀霉菌细菌效力较好，同时有驱外寄的功效，而甲基蓝就对外寄无效。重大区别就在亚甲基蓝能对鱼亚硝酸盐中毒有疗效，而甲基蓝则没有。