1、用硫酸铜全池泼洒，使池水含药为每立方米0.7克，在下风处要重洒。隔1-2天后，藻体死亡分解，适当加入新水，改善水质。

2、利用甲藻在水温、pH值等环境突然改变后将会大量死亡的特性，当它大量繁殖时，用加入大量新水和撒入石灰的办法，抑制其繁殖生长。

3、在光照和水温适宜时，甲藻能够在短时期内大量繁殖，与硅藻一样为海洋动物的主要饵料，故有“海洋牧草”之称。但也时常由于突然死亡而造成毒害，常称为“赤潮”，引起鱼虾死亡，所以需要消灭才行。

另外，甲藻对水温的要求亦较其他藻类明显，水温恒定的水层与水温变化的水层分布的种类不同。