商铺有土地使用证的作用是：

(一)可以有效保护不动产产权的完整性。

《房地产管理法》第五十九条规定：国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。

(二)可以保证房产转让中涉及的土地使用权的法律效力。

《物权法》第九条规定：不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力。

(三)可以有效体现房地产的实际价值。

按照《物权法》第一百四十九条规定：住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。