在封闭运行的地下水中，除少量微生物外，没有高等植物和高等动物。

在与外界相通的地下水中，如溶洞水、从地面进入或可流出地表的地下暗河中，经常能够发现一些动物，如鱼类、两栖类、爬行类和其他小型无脊椎动物。但这些动物由于长期生活在暗无天日的黑暗环境中，与在阳光下生活的同类物种相比，通常体表会失去色素，为白色甚至透明，眼睛会退化。

在无光的地下水中，没有绿色藻类和高等植物。