有一天蘑菇们居住的和平的王国被使用强大魔法的巨龟库巴一族入侵了。老实的蘑菇一族都被魔法变成了岩石、砖块、花花草草等模样，蘑菇王国灭亡了。能够解除魔法，重新唤醒蘑菇们的只有蘑菇王国的公主桃子公主，她现在正在库巴大魔王手中，而马里奥前身是个水管工人，之后他掉到一个未知地，且被别人软禁，他得知公主被乌龟龙软禁，便去营救公主，后来与公主成亲。