摇瓶培养是在菌种的筛选培养阶段，培养条件要尽可能和发酵生产的培养条件相近，但工作量大、时间长、操作复杂；而自动发酵罐培养是摇瓶培养的工业化生产。

采用摇瓶液体培养食用菌菌种，具有生产条件稳定、菌丝体的菌龄整齐一致、生产周期短、产量高、成本低、污染少等优点，是食用菌业实现机械化、自动化的基本保证，是食用菌行业规模化和产业化生产的发展方向。