ATP是生物的直接能量供体，生命活动所需的能量最终都以ATP的形式来提供。每种生物体内的ATP含量一般都在某一范围内。荧光素是一种在氧气存在的情况下，能氧化发出荧光的分子。ATP拭子配有裂解液和反应液两种溶液，样品首先与裂解液接触，裂解液中将使样品中的菌体裂解，释放出体内的ATP。再与反应液混合，反应液中的荧光素酶催化荧光素与氧气的反应，利用ATP释放的能量发出荧光，发光强度与ATP的量成正比。仪器可读出荧光强度，输出为RLU值，反应出ATP的量，进而可推算出样品中菌体含量范围。