港澳通行证是只有一张卡，其正面是港澳通行证信息，背面是港澳签注信息。

最新的港澳通行证是一张智能卡，其储存了使用者包括指纹在内的许多信息。原本的港澳通行证为本式，但是自2014年5月起，公安部在广东试点启用电子往来港澳通行证，并于5月20日起受理港澳通行证的申请。

新启用的港澳电子通行证存有数字化的个人资料和指纹信息，可以使用口岸自助查验通道实现自助通关。电子往来港澳通行证启用后，内地居民往来港澳地区的管理政策不变，证件申请受理渠道和审批条件不变，收费标准不变。而原来本式往来港澳通行证和签注在有效期内可以继续使用，持本式通行证仍可以继续申办贴纸式签注。