差别是命题的方式有所不同。考研统考一般有国家统一命题，统一组织考试，统一划定分数线。自主命题是学校自己出题进行研究生录取考试，有的学校直接用国家的英语和政治试题，这种考研时间和国家统考时间一致，有的是所有的考试科目都有自己出题。目前来看，考研统考的成绩相对高些，进行调剂比较容易些。自主命题，题目相对难些，考试分数可能比较低，在调剂的时候有所影响。应用国家统考试卷的学校大部分普通高校，自主命题的学校多数是知名高校。