1、em菌不能与杀菌药物，抑菌药物同时使用，若要使用药物应该相隔五天以上，em菌应该持续使用，一般间隔在十五天到三十天使用一次；

2、水质恶化，底质污染严重的要加量使用，也可以配合其他的 化学性改底产品底净宝使用；

3、em菌晴天上午使用，因为em菌的活化和繁殖需要耗氧，防止造成池水缺氧；

4、em菌应在常温下，避光保存。