1、所指的人不同：晋商，通常意义的晋商指明清500年间的山西商人。徽商，即徽州商人、新安商人，俗称“徽帮”，指徽州（府）籍商人的总称 ，为三大商派之一。

2、经营方式不同：晋商经营盐业、票号等商业，尤其以票号最为出名。晋商也为中国留下了丰富的建筑遗产，著名的乔家大院、常家庄园、曹家三多堂、王家大院等等。明清晋商人利润的封建化，主要表现在捐输助饷、购置土地、高利贷资本等方面。徽商经营行业以盐、典当、茶木等最为著名，其次为米、谷、棉布、丝绸、纸、墨、瓷器等。其中婺源人多茶、木商，歙县人多盐商，绩溪人多菜馆业，休宁人多典当商，祁门、黟县人以经营布匹、杂货为多。