明朝皇帝儿子大多都很少的主要原因有三种，具体解释如下：

1、明朝君主政务繁忙。明朝的皇帝，每日都有大量繁琐的工作，例如朱元璋在位时每日批阅奏折至凌晨两点左右，凌晨五点左右即需开始准备早朝，励精图治整顿吏治过于耗费心力。

2、明朝君主长期服用丹药。明朝的皇帝沉迷炼丹以求长生之术，这些丹药大多含有重金属物质如朱砂、汞等，对身体损害极大，相当于长期服用慢性毒药。

3、明朝君主患有遗传病。据史料记载朱棣征战途中由于某种疾病突发身亡，现代许多专家猜测朱棣死于脑溢血或者心肌梗塞。根据权威医学机构的最新统计，患有心脑血管疾病的男性患者，遗传给子女的可能性达到百分之八十的可能性，而且子女死于心脑血管疾病的概率比正常人的几率高出四倍之多。