在第二季调查兵团陷入绝境的时候，艾伦选择发动自己始祖巨人的力量拯救了兵团。当时的艾伦被超大巨人带走之后，调查兵团和三笠等人为了救回艾伦引来了大量的无垢。虽说后来艾伦被救下，但却让整个调查兵团陷入到了绝境当中，此时的艾伦突然觉醒了始祖巨人的力量，发动坐标命令让所有无垢巨人击退了敌人。

当艾伦第一次在危机中使用始祖巨人力量之后，变身回来后他却始终都不能再使用第二次始祖的力量。这种情况也是他一直没有办法理解的，很多时候能力的激发可能是三笠的爱提供力量。但不能再使用第二次，艾伦也是一头雾水不知道什么样原因。

在后来调查兵团仅剩九个人的情况下攻打下玛利亚之墙，在这种情况下，世界的秘密才终于向大家敞开了本身的面目。恢复记忆的艾伦结合父亲给自己留下的线索，终于了解到了当年的事情真相，也就是觉醒始祖的真正原因。

从那开始艾伦便开始了灭世计划，为了能成功再次觉醒始祖力量让自己真实的强大起来，艾伦首先发动了马莱之战带回王族血统的吉克，在精心策划下再次觉醒始祖力量让墙内千万个巨人破墙而出，以此展开了属于自己的灭世之路。