1、《变蝇人3》倒叙，科学家安德烈（大卫·海迪生 David Hedison饰）的美貌妻子海琳（帕特丽夏·欧文斯 Patricia Owens饰）打来电话，向安德烈的弟弟弗朗索瓦（文森特·普莱斯 Vincent Price饰）求助。她向弗朗索瓦和警探坦白，自己刚刚杀害了丈夫安德烈。

2、案发前，安德烈痴迷研发他的时空交错机器，这个机器能够将人体分解传输到另一个地方再重组。可他万万没有想到的是：正在他埋头实验的时候，一只闯进来的丑陋苍蝇飞进了机器……