南方著名的医科大学有南方医科大学、重庆医科大学、第三军医大学、南京医科大学等等。以下是具体说明：

1、南方医科大学，该学校共有4个国家重点实验室，国家中医药管理局三级科研实验室1个，2个省部共建重点实验室，12个广东省重点实验室，4个广东省教育厅重点实验室，校级研究所17个。

2、重庆医科大学，学校拥有4个国家级重点学科，分别是内科学(传染病)、儿科学、神经病学、临床检验诊断学。

3、第三军医大学建有国家重点实验室和国家工程中心8个，军队专科研究所，专科（专病）中心27个，军队重点实验室11个，建成了世界最大的生物激波实验室，中国最大的轨道式生物碰撞实验基地。

4、南京医科大学设有22个学院和1个独立学院，共有涵盖医学、理学、工学、管理学、文学等5个学科门类的本科专业24个  。