南京市的高中学校多达五十几所，其中比较出名的有中华中学、南京市第一中学、金陵中学等。

中华中学：南京市中华中学是一所历史悠久、具有优良办学传统和丰厚文化底蕴的百年名校。始建于1899年，是英籍加拿大人马林（原名威廉姆·爱德华·麦克林）创办的，校名“基督中学”，后更名为“育群中学”；

南京市第一中学：南京市第一中学是国家级示范高中，江苏省模范学校和江苏省四星级高中。南京市第一中学创办于1907年，初名为“崇文学堂”，经过几次易名，于1933年改称“南京市立第一中学”，是南京市第一所公办中学，也是江苏省最早的重点中学之一；

金陵中学：金陵中学创建于1888年，简称金大附中、金陵中学。