工程结算纠纷的处理，应遵循两个原则，一是“尊重合意”原则，一是“实事求是”原则。

结合司法解释和相关审判实践，一般的处理规则如下：

1、双方已结算认定造价后一方反悔的，不予支持。

2、双方如约定以第三方的审价结果为准的，一方对第三方审定的价格有异议的，不应当支持，除非证明第三方在审价过程中存在违法行为。

3、双方约定了结算标准和依据的，法院应当按照该标准和依据组织双方结算或委托造价鉴定。

4、双方未对结算问题作出约定的，事后又未达成关于结算的补充协议的，可由法院委托进行司法鉴定。

5、对于发包方故意拖延，不在约定的期限内结算的，根据《司法解释》的规定，可以以承包方的送审价为准，并且，欠款自法定的时间开始计算利息。

【法律依据】

根据《合同法》第128条规定，当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。