1、所属单位不同

区级医保只能是本区直属单位的职工办理，而且档案要在区人才代理中心保管，还要办有养老统筹。那市级医保自然就是要市直属单位的职工才能办理，而且档案也相应的应该在市人才代理中心。

2、地区不同

区级医保的医保卡只可以在本区医保定点医院刷卡治疗，而市级医保的医保卡可以在全市的医保定点医院刷卡治疗。

3、报销比例不同

通常情况下区级医保报销比例比较高，而市级医保的报销比例就比区级医保低一些。