清华大学医学院基础医学系2012年11月10日成立，有利于推动清华大学医学和生命科学的发展。基础医学系已获得基础医学一级学科硕士学位点。按照转化医学的发展趋势，该系布局安排膜蛋白与重大疾病、表观遗传与癌症、干细胞与再生医学、神经科学与疾病、免疫与传染病等五个重点方向。