交响乐是莫扎特创作中的重要部分。他最有代表性的交响曲是他最后的三部，即降E大调、g小调和C大调交响曲。其中《降E大调第三十九交响曲》明朗愉快、充满诗意；《g小调第四十交响曲》富有戏剧性，有海顿式的乐观主义情绪，但在技法上又完全不同于海顿，被称为莫扎特的“英雄”交响曲；《C大调第四十一交响曲》（通常被称为《朱彼特》）宏伟豪迈、东观向上，预示了贝多芬的英雄性的交响曲的出现。莫扎特的交响曲（尤其是最后三首），是贝多芬之前的全部交响曲创作的最高成就。他的突出贡献在于各乐章之间的主题之间的对比性。