其实使徒行者第2部是第1部的前传。第2部讲述的是一个警察被害之后牵扯出来的拯救卧底和寻找警局幕后黑手的征程。这两部戏其实是倒叙的关系，它讲述的是卓凯和他潜伏在泰国毒枭的手下一起剿灭毒枭的行动。

2010年10月卓凯前往了泰国之后和他手下的卧底警察碰头，当行动结束众人要离开泰国时，一场爆炸让所有的卧底永远的留在了泰国，而卓凯因为接了一个电话与卧底没有在一起，所以他侥幸逃过了一劫，这也是他人生中一个最大的污点和心理阴影。

不仅连他自己怀疑自己甚至他的上司对他也很怀疑，在他返回香港之后警局就对他进行了调查也吊销了他的职位。卓凯的好朋友也因为不明原因被害，他的好朋友黎瑞权被害之后手下只剩下了一个女警郑淑梅，但是郑淑梅还没有成为一个合格的卧底，而且黎瑞权手底下的卧底资料都被删除了，想要找出黎瑞权受害的真相就要将这些卧底都找出来，这也是摆在卓sir等人面前最大的难题。

他和郑淑梅两个人就开始了全面的寻找卧底的行动，当寻找卧底的过程中又与长兴坐馆魏德信产生了交集，之后牵出了警局最大黑警和黑恶势力联手牟取暴利的幕后真相。