通州马驹桥镇有50个行政村，分别是：马一街村、马二街村、马三街村、北海村、南海村、壮丁屯村、河北段村、胜利村、北门口村、大葛庄村、东店村、西店村、西后街村、辛屯村、大白村、马村、小白村、姚村、张各庄村、古庄村、杨秀店村、周营村、小张湾村、房辛店村、张村、郭村、柴务村、大周易村、小周易村、史村、前银子村、后银子村、驸马庄村、南堤村、大杜社村、团瓢庄村、后堰上村、前堰上村、姚辛庄村、陈各庄村、南小营村、西田阳村、东田阳村、小杜社村、六郎庄村、西马各庄村、小松垡村、大松垡村、神驹村、柏福村。