三公九卿制度是秦汉时期中央官僚制度的核心，这一制度确立于秦朝建立之后，后为汉朝所继承，到三国两晋南北朝时期，逐渐为三省六部制度所代替。到唐朝时，三公成为荣誉性官衔，九卿则成为具体事务性官僚机构。

一般认为，三公九卿制度起源于商朝，形成于周朝。商朝正式出现了三公的称谓，但是此时的官职是因人而设，即为政治上德高望重的人专门设立此种官职，尚没有制度化。到了周朝，三公已有明确的职务，其称谓也有两种说法，一认为是太师、太傅、太保，二认为是司马、司徒、司空。至于九卿，则无论商朝还是周朝，虽有相关的职位设置，但三公之下尚无明确的九卿规定。

但是近来的研究认为，三公九卿制度并不是来源于之前由贵族担任的公、卿、大夫等职位，而是来源于这些职位之下的府、史、胥、徒。所谓府、史、胥、徒，就是在各种公、卿、大夫等职位之下办理各种杂事的小吏，他们地位低下，没有固定的编制，按照工作量来按天或按月领取俸禄。这种特征使得这一阶层具有浓厚的官僚行政的色彩，有利于国君集中权力、提高行政效率。

在春秋、战国之时，随着各诸侯国中央集权运动的开展，这一由府、史、胥、徒发展而来的"文法吏"阶层逐渐兴起。

从身份上来说，文法吏来源于底层小吏，而不是分封制之下的贵族，故其升迁置黜皆有赖于国君和上司；从行政事务上来说，文法吏要根据法令来处理各种赋税、徭役、司法等方面的文书，且要把相关文书上报、留档；与此同时，针对文法吏的监察、考核制度也建立起来，其升迁罢黜也要根据考核测评；而从待遇上讲，文法吏的俸禄也要依据职位领取，而不是像贵族一样收取封地的租税，有其职则有一份俸禄，无其职则为一介布衣。

由文法吏充任的公卿之职，只是在名义上延续了贵族时代的称谓，而实质上已由贵族政治转变为官僚政治。在秦国统一六国之后，由文法吏阶层担任的三公九卿制度被正式确立，故秦汉国家的统治方式也被称为"以吏治天下"。

秦朝初立三公九卿制度，其中三公为丞相、太尉、御史大夫；九卿为奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府。

三公的职责如下：丞相，最高行政长官，典领百官，辅佐皇帝治理国政，无所不统；太尉，最高军事长官，总揽全国军事，但在日常中并无兵权，兵权实际上掌握在皇帝手中；御史大夫，辅佐皇帝处理国政，并负责监察百官，管理国家重要图书、典籍，起草诏令等。

所以，从理论上讲，三公其实分管着行政、军事、监察三种权力。

九卿分管各项具体政务：奉常，掌管宗庙礼仪；郎中令，掌管宫殿警卫和皇帝侍从；卫尉，掌管宫门警卫；太仆，掌管宫廷御马和全国的马政；廷尉，最高司法机关，掌管司法审判；典客，掌管外交和少数民族事务；宗正，掌管皇族、宗室的事务；治粟内史，掌管国家的租税钱谷和财政收支；少府，掌管专供皇室使用的山、海、川、泽、森林等自然资源的税收及官府手工业。

秦汉时期的三公九卿制度并不是一成不变的，不论是名称还是权责都处在不断的调整、变化之中。比如太尉一职，秦汉间废置无常，武帝时更设置了大司马作为最高军事长官。而在汉成帝的时候，亦曾将御史大夫改名为大司空，丞相改名为大司徒。到了东汉光武帝的时候，又改大司马为太尉，同时将大司徒、大司空的"大"字去掉，这样东汉时期的三公就变成了太尉、司徒、司空。另外东汉时又设置了太傅一职，并规定太傅的地位在三公之上。

九卿的称谓也发生了一些变化，如奉常在西汉时变成了太常，郎中令在西汉时变成了光禄勋等等。

而具体的机构数量在西汉时也不限于九个，在《汉书》中记载的九卿的称谓，统计下来有：太常、光禄勋、太仆、廷尉、大行、大鸿胪、宗正、大司农、少府、卫尉、执金吾、右内史、左内史、主爵都尉、太子太傅等十几个。直到王莽的时候，才将九卿确定为九种官职。

而东汉时的九卿分别为太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府。魏晋之后的九卿，从称谓上看大多与东汉相同，只有廷尉有时被叫做大理。

随着历史的发展，三公九卿的职权逐步被剥夺，最终在隋唐时完全被三省六部制度所取代。在秦汉时期，三公九卿作为国家中央政治机构的主体，其权力最先受到皇帝近侍机构的侵夺。这一过程在三公九卿制度设立之初就已开始。

秦朝时赵高任车府令，这一官职仅是九卿之中太仆的属官，但因为亲近皇帝，所以赵高竟能策动李斯，发动沙丘政变，将秦二世胡亥推上皇帝的宝座。

西汉中期时，作为皇帝身边秘书机构的中朝官发展起来，侵夺三公九卿权力，其中的尚书机构尤其明显。尚书本是皇帝身边传送文书的小吏，是九卿之一少府的属官，但是从汉武帝末年开始，就开始参与到政务处理之中，到了东汉时成立尚书台，彻底取代了三公九卿机构，成为国家的政务中心。

两汉时期三公九卿的权力之所以会逐渐衰落直至被彻底取代，主要是由于皇帝身边近侍机构的不断扩张，这之中反映的是皇权与外朝三公九卿权力的矛盾。

三公九卿制度作为正式的政务中心，可以保持日常政务的正常运转，但是同时对于皇帝的权力也是一种限制，使得皇帝不能随心所欲地运用权力。通过不断的发展身边的秘书班子来取代正规的政务机构，权力进一步转移到皇帝的手中，这样皇帝的意志也可以更加顺畅的被贯彻下去。

这一转移权力的范式为后世皇帝强化皇权提供了一个范式，所以汉代以后这一过程被不断重复。

魏晋南北朝时，尚书机构作为政务中心，而真正的决策中心却被兴起的中书和门下取代。隋唐时，尚书、中书、门下三省六部制度彻底建立，成为正规政务中心，但是很快真正的决策中心就转到了同三品和同平章事。宋代时掌管国政的就变成了政事堂和枢密院。明清时就变成了内阁和军机处。

中枢权力的不断转移，对应着皇帝权力的不断加强，这是中国帝制时代政治制度演进的一个基本规则。而这一过程的开端，就肇始于秦汉时期的三公九卿制度。