1517年马丁·路德《九十五条论纲》为标志的德意志宗教改革，引导了全欧洲的宗教改革运动，这时候中欧与西欧出现了重大的变革，马丁·路德的路德派、加尔文的加尔文派、亨利八世的盎格鲁派等被称作新教，各自流行，使欧洲分为天主教（旧教）与新教两大阵营，而神圣罗马帝国诸侯则在信仰上出现了严重歧见，同样地分裂为天主教与新教两派。
宗教改革家马丁•路德
随着查理五世在1555年奥格斯堡会议上签署《奥格斯堡和约》，暂时结束了天主教徒和新教徒之间的战争，和约内容主要是：
帝国内224个诸侯国允许自行决定各自领土的法定官方宗教，即“教随国立”。
一些天主教的王公主教辖区中路德派教徒可保留信仰。
1552年以前由路德派诸侯没收的天主教会财产不予返还。
神圣罗马帝国周边国家出于自身利益，间接促成三十年战争的爆发。
西班牙哈布斯堡对帝国西部莱茵河畔领土感兴趣，因为莱茵河流域分别紧挨着西属尼德兰、弗朗什-孔泰等西班牙哈布斯堡领地，连接着从米兰公国至西属尼德兰的西班牙道路。自1560开始的尼德兰叛乱在1609年通过签订协定短暂停战。
法兰西王国处在哈布斯堡家族的包围之中，南部和北部是西班牙本土和西属尼德兰，东部是神圣罗马帝国，使法兰西国王感到存在着巨大的危险。皇帝斐迪南二世急于向帝国小诸侯国施加影响力，信仰天主教的波旁家族对时局的关注超越了宗教界限，站在新教徒一方。
瑞典王国和丹麦-挪威意图控制波罗的海沿岸的帝国诸侯国。
新教和天主教之间的紧张局势在16世纪后半叶愈演愈烈，《奥格斯堡和约》的约束力开始失效，趋于瓦解。由于一些改宗新教的亲王主教拒绝放弃对教区的统治权，作为回应，哈布斯堡家族、帝国天主教诸侯和西班牙人寻求夺回对上述教区的控制。1583年至1588年间的科隆战争是在此背景下发生的。事件的缘由是因科隆选侯格布哈特·特鲁赫泽斯·冯·瓦尔德堡改宗加尔文派，由于其是帝国的选帝侯（选侯），势必会导致选侯中新教势力强过天主教，新教徒会被选为国王和皇帝可能性出现。西班牙军队随后驱逐了格布哈特，先前在选举中以十票对十二票输给格布哈特的恩斯特被重新选举为科隆大主教，后者来自维特尔斯巴赫家族。此后，天主教区域内巴伐利亚公国、维尔茨堡等地的“教随国立”政策变得严厉而且苛刻，这导致了天主教辖区内的路德派信徒只能在改宗和流亡之间选择。原先信奉新教路德派的诸侯国，如：莱茵-普法尔茨、拿骚、黑森-卡塞尔、勃兰登堡-普鲁士先后改宗加尔文派。因此在十七世纪初，莱茵河畔、多瑙河南岸是以天主教占多数，新教路德派在神圣罗马帝国和北欧占多数，加尔文派立足于帝国中西部、瑞士、荷兰。三个教派的信徒无处不在，然而，在一些独立领地和帝国自由城市，三派信徒人数处于均等。
令哈布斯堡西班牙统治者感到惊讶和意外的是，同宗奥地利哈布斯堡皇帝却忠实遵循查理五世的宗教政策：对诸侯的宗教信仰采取包容态度。自斐迪南一世至马蒂亚斯诸位皇帝为了避免因帝国内部信仰不同从而引发宗教战争的可能，从而对帝国内部的宗教事务尤其是新教的传播采取放任和不强制的政策。皇帝的政策行为触怒了寻求宗教统一性的势力。与此同时，信奉路德派的瑞典和丹麦-挪威致力于援助帝国境内新教徒，以此获得政治和经济方面的影响力。
1606年，帝国自由市多瑙韦尔特因宗教紧张局势引发暴力行为。起因源于该市信奉路德派的市长禁止天主教一年一度的圣驾巡游，导致该市发生骚乱。促使以巴伐利亚公爵马克西米利安一世为首的天主教外部势力的介入。暴力事件结束后，帝国加尔文派的信徒感觉受到威胁，组建了以普法尔茨选侯腓特烈四世和腓特烈五世为首的新教联盟，作为回应，天主教方组建了以巴伐利亚公爵马克西米利安一世为首的天主教联盟。
紧张局势于1609年进一步升级，因于利希—克莱沃—贝格公爵约翰·威廉死后无嗣引发的于利希继承战争，两个敌对的申请者争夺联合公国的继承者。第一个是勃兰登堡选侯夫人安娜，她是公爵约翰·威廉大姐玛丽·埃莱奥诺雷的长女，第二位是普法尔茨—诺伊堡伯爵沃尔夫冈·威廉，他是公爵约翰.威廉二姐安娜与普法尔茨—诺伊堡伯爵菲利普·路德维希的长子。安娜宣称联合公国应由长系继承。沃尔夫冈·威廉则以公爵约翰·威廉最年长的男性继承人自居。双方都是新教徒。1610年，出于阻止双方战争的目的，皇帝鲁道夫二世的军队占据联合公国，直至宫廷会议解决双方纠纷。然而，一些新教诸侯惧怕信奉天主教的皇帝会把联合公国据为己有，阻止联合公国落入新教徒之手。法兰西国王亨利四世与荷兰共和国的代表建议派兵入侵联合公国，但计划随着亨利四世遇刺身亡而告终。为了在竞争中获取优势，沃尔夫冈·威廉改宗天主教，勃兰登堡选侯约翰·西吉斯蒙德改宗加尔文派。争议在1614年的《克桑滕和约》得到解决，联合公国被拆解[18]：于利希和贝格给沃尔夫冈·威廉，约翰·西吉斯蒙德获得克莱沃、马克、拉文斯贝格。
荷兰叛乱的背景对于认识导致三十年战争原因是必需的。众所周知，西班牙与荷兰签订的十二年休战条约将于1621年到期，当时整个欧洲意识到这点，西班牙帝国试图再次征服荷兰共和国。时任弗兰德尔军司令斯皮诺拉尝试通过友好领土直抵荷兰共和国，而行军路线中唯一的敌对国家是普法尔茨选侯国，因此普法尔茨选侯国在欧洲具有相当重要的战略意义远远超过了它自身的价值。这解释了为什么英格兰国王詹姆斯一世于1612年为女儿伊丽莎白·斯图亚特与普法尔茨选侯腓特烈五世的婚礼做准备，尽管当时的社会习俗和舆论认为公主该嫁给另一个王室。
欧洲列强均想插手帝国事务，以获取利益。它们分为两派，其中哈布斯堡王朝集团由奥地利大公国、西班牙帝国与神圣罗马帝国的天主教诸侯国组成，并得到教宗及波兰立陶宛联邦的支持；而另一方为反哈布斯堡王朝集团，由法兰西王国、丹麦-挪威联合王国、瑞典帝国、荷兰帝国及德意志的新教诸侯国组成，并得到英格兰王国、俄罗斯沙皇国的支持。法国虽是天主教国家，但是在首相黎塞留枢机主教的主导下，对于世俗政治的考量胜过了神学观念，为削弱欧洲大陆上的头号竞争对手哈布斯堡王朝，毅然支持新教国家阵营。
战争起始于1618年波希米亚地区（即今捷克）人民反抗天主教哈布斯堡王朝的民族及宗教起义，其导火索为著名的布拉格掷窗事件（或称扔出窗外事件）。而整场战争共分为四个阶段，分别是波希米亚阶段（1618年－1624年）、丹麦阶段（1625年－1629年）、瑞典阶段（1630年－1635年）及法国-瑞典阶段（1636年－1648年），战争最后以哈布斯堡王朝集团战败、参战各国于1648年签订《威斯特伐利亚和约》告终，总计持续了三十年之久。
