1、木瓜根肉质，分布浅，不耐水、不耐旱。其根为直根，主根明显发达，尤其在苗期。主根两侧有侧根，侧根上生长着许多须根。成年木瓜的根根据其厚度和功能可分为“固定根”和“吸收根”。固定根附着在茎的基部，向下生长，支撑地上部分以储存养分和扩展根系。一年生以上的番木瓜定根有4~6根左右，有的定根直径粗达4~10厘米，定根四周覆盖着直径0.5毫米左右的须根，须根上部又生着极细的根毛，这些须根和根毛具有吸收营养的作用，称为吸收根。根系的发生、生长和分布随植物生长、土壤结构和水位的变化而变化。根系需要一个空气质量好、土壤疏松、土层深厚的土壤环境，其吸收根的发生尤为频繁。在这种土壤环境中，吸收根分布在15-30cm深处。如果地下水位低，根系会生长到80-100厘米的深度。

2、根系的发生和生长需要一定的土壤温湿度。特别是土壤温度对其生长发育有直接影响。广州地区木瓜根的生长随温度的变化而变化。每年3月新根开始出现。随着气候变暖，土壤温度逐渐升高，根系也逐渐加快。当土壤温度高于15℃时，木瓜根的生长在每年的5～10月达到高峰。11月以后气温下降，土壤温度降低，根系生长也逐渐缓慢。在广州地区冬季播种（从十月到十一月初），用薄膜袋制作营养钵，地膜覆盖一层薄膜。营养钵内土壤温度可维持在15℃以上，根系发育迅速。在这一时期，地下的根比地上的茎和叶生长得快。当幼苗高达7cm时，根长可达22cm，是苗高的三倍。12月至2月间，田间种植的番木瓜根系生长缓慢。木瓜根系的生长不仅受温度的直接影响，而且受土壤水分的影响也很大。木瓜的吸收根大多分布在表层，这就要求土壤水分不能太干、太湿，不能抗水浸。