北京电子科技学院本科教育设有7个专业，由五个教学部门负责建设和管理。分别是：信息安全系，下设信息安全专业和信息与计算科学专业。电子信息工程系，下设电子信息工程专业。计算机科学与技术系，下设计算机科学与技术专业。通信工程系，下设通信工程专业。管理系，下设信息管理与信息系统专业和行政管理专业。根据西部地区特别是边远少数民族地区的迫切需要，学院从2004年开始为西北六省区和新疆建设兵团开办定向专科班。