当然可以，你可以跟公司这些协约一起申请，还可以签订合作协议明确著作权的归属问题。
建议您个人申请该软件的著作权，随后与该公司签订著作权使用合同，授权该公司进行销售及维护。这样您才是著作权法上所称的“作者”，享有署名权、修改权及复制权等。
