不是佩恩要杀死自来也，是自来也要杀死佩恩。

自来也为打探晓首领的情报，潜入了雨隐之村。自来也得知“晓”首领佩恩及成员小南的真实身份，原来是自己第二次忍界大战末期在雨忍村所收的徒弟。从前大蛤蟆仙人亦曾对自来也预言他会收一个独当一面的孩子为徒，而这孩子会为忍界未来带来空前的和平或毁灭，总会一天他就被迫要作出“选择”他的选择会将世界引向和平或者毁灭。

最初自来也以为眼前的佩恩，就是预言中的变革者，做出“选择”的时刻已经到了，自来也决定杀死佩恩来结束这一场的变革。故一场师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，召来两位蛤蟆仙人相助，成功打败了三个佩恩，结果由于大意以及不了解佩恩六道的相关情报，所以不幸被打败而牺牲。但临死前自己查出了佩恩六道及其本体的秘密。