安室透并没有确定柯南的身份，他只是从各种事件中怀疑柯南，认为他并不是普通的小孩子，对他有很大的疑心。

安室透第一次怀疑柯南，是在网球事件中，那时候柯南还不知道安室透是公安派去的卧底，本来想用麻醉针射中毛利小五郎，无奈安室透出现在自己面前，柯南只能给出各种提示，才解开了密室的谜团。

第二次是在“又甜又冷的宅急便”中，少年侦*团遇难，柯南发出了纸条求救信号，上面写着“corpse”尸体，安室透首先想到的就是柯南，随后找到了少年侦*团并救下他们。

两人真正交流是在“绯色”篇章中，柯南识破了安室透是公安的身份，随后和他交流，这时候安室透也是了解到柯南并不是一般人，他身上一定有很多秘密。