专利权质押合同登记程序：

一、双方当事人拟定、签定专利权质押合同书面合同。

二、向中国知识产权局索取统一印刷的专利权质押合同登记申请表，并按要求填写、签名、盖章。

三、按规定向知识产权局提交登记需要的材料。

四、双方当事人共同缴纳专利权质押合同登记费用。

五、知识产权局启动审核程序，对登记申请依法进行各方面的审查。

《专利权质押登记办法》第三条规定，以专利权出质的，出质人与质权人应当订立书面质押合同。质押合同可以是单独订立的合同，也可以是主合同中的担保条款。