1、形态不同。

裸子植物：种子裸露，没有皮包裹，裸子植物它们有胚珠（不同于蕨类植物门），但心皮不包成子房，且胚珠裸露，胚乳（即雌性原叶体）在受精前已形成（不同于被子植物门）。

被子植物：被子植物种子是由果皮包裹着的。

2、种子胚数不同。

被子植物种子内通常只有一个胚，裸子植物大多数种子内有强烈的多胚现象。

3、花不同。

裸子植物，有孢子叶球，而无真正的花。

被子植物，具有真正的花，被子植物在形态上具有不同于裸子植物所具有的孢子叶球的花。